在過去的觀念中，胃酸過多始終被認為是消化性潰瘍最主要的原因。直到1983年澳洲的Warren和Marshall發現幽門螺旋桿菌（Helicobacter pylori），才大大改變以前的觀念。
此菌感染生長在胃上皮細胞，引起的慢性胃炎與消化性潰瘍、胃癌、及惡性貧血有關。在大人的十二指腸潰瘍中，80％有此菌感染；在兒童的十二指腸潰瘍，更有高達90％可在胃竇黏膜發現此菌。一但將此菌根除，可以讓十二指腸潰瘍真正的痊癒，可見其診斷的重要。至於胃潰瘍，在大人有60％與此菌有關，而兒童的胃潰瘍大多是因為消炎止痛藥物等其他原因所引起，跟此菌比較無關。
與幽門螺旋桿菌相關的十二指腸潰瘍，在兒童多以陣發性上腹痛來表現，而且與大人潰瘍常在吃飯時間疼痛相比，症狀通常不是那麼典型。另外，如果有半夜肚子痛到醒過來，或是反覆性嘔吐合併上腹痛，或是慢性腹痛合併吐血、吐咖啡色的胃液或解黑便，都要懷疑可能有此菌相關的十二指腸潰瘍，有時候甚至會以缺鐵性貧血來表現，病童看起來臉色蒼白。幽門螺旋桿菌可說是最常見的腸胃道感染，通常在孩童時期（五歲以前）就已經感染，社會經濟狀況較不好、較擁擠的家庭感染機會更高。傳真途徑尚不明確，但很可能是人與人之間的散播傳染。在發展中國家十歲以前的孩童，有高達80％的盛行率，所以此菌和消化性潰瘍，絕不只是大人的專利；我們也碰過小學一年級的小朋友因為消化道大量出血緊急被送進醫院，結果證實為十二指腸潰瘍合併幽門螺旋桿菌感染的嚴重病例，所以有上述症狀時，父母應該提高警覺就醫檢查，才不會延誤了診斷的時機。
通常在排除掉其他原因（如長期吃止痛退燒藥）引起的上腹痛之後，如果使用藥物治療一直無法改善，就必需進一步作十二指腸胃鏡來確定是否真的有潰瘍，這也是診斷消化性潰瘍最有效而準確的方法。但是小朋友不像大人一樣耐得住「吃管子」，所以通常會給予短暫的鎮靜劑，待睡著後透過內視鏡詳細檢查食道、胃、十二指腸的胃黏膜，看看有無發炎、出血、或是潰瘍，同時可在胃竇黏膜採取小塊組織作幽門螺旋桿菌的尿素酵素試驗，如果陽性表示有感染。
感染此菌的小朋友，胃鏡檢查常常可以見到胃竇（幽門前方）黏膜有如苦瓜表面般（如健康步道或許多的鵝卵石一樣）的小小凸起，合併十二指腸潰瘍或嚴重的胃十二指腸黏膜紅腫發炎。奇怪的是，有些人雖然有幽門螺旋桿菌的感染，卻不一定會有症狀，原因為何現仍不甚清楚，所以並不是所有受此菌感染的人都得治療。
根據1997年在新加坡幽門螺旋桿菌亞太共識醫學會的結論：如果確定是幽門螺旋桿菌的感染，再加上有消化性潰瘍、出血性潰瘍、胃黏膜相關之淋巴組織淋巴癌、嚴重異常胃炎、及胃癌早期切除後，就建議應該進行所謂的「三合一幽門螺旋桿菌根除療法」，也就是一種制酸劑（氫離子幫浦抑制劑）加上下列三種抗生素（clarithromycin、amoxicillin、metronidazole）任選其二，治療一至二個星期，通常可以達到九成以上的根除率。如果只是像過去一樣，單單使用制酸劑和一般胃藥治療這種潰瘍，通常效果很差，這也就是為什麼我們要辛辛苦苦做檢查，確定潰瘍是否合併有幽門螺旋桿菌感染的重要原因。
當然，只靠診斷和藥物治療是不夠的，消化性潰瘍的治療還要同時配合適當的飲食和作息，放鬆心情不要給孩子過大的壓力，避免酸辣和刺激性食物，少吃鳳梨或木瓜等容易刺激胃酸分泌的水果，如此才能收最大之療效。總之，兒童（特別是小學至國中年齡）的幽門螺旋桿菌感染與消化性潰瘍，是一個容易被家長忽略的問題，如果有警覺到家中半大不小的孩子有上述的症狀與腹部不適，應該提早就醫找出問題的根源，才能對症下藥，藥到病除。
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